Четвертая игра серии Syphon Filter.
Геймплей
Игровой процесс в Syphon Filter: The Omega Strain явился серьезным отходом от принципов предыдущих игр серии. Вместо отыгрыша за Габриэля Логана игрок получает роль нового наемника, работающего на секретную антитеррористическую организацию Габриэля, IPCA. Игрок может создать оригинального агента, используя систему пользовательской настройки персонажа. Также игра предоставляет нелинейный, открытый опыт, с возможностью выбора в определенных заданиях. Введены ролевые элементы, позволяющие создавать персонажей, повышать их ранги и разблокировать новые оружия. С прогрессом игры протагонист получает различные обновления (экипировка, оружие, внешний вид). Враги постоянно возрождаются, поэтому очистить территорию полностью нельзя.
Сюжет
Действие начинается в штате Мичиган, когда Имани Грей и наемники IPCA отправляются в задание по определению местонахождения Лоуренса Маджари и ликвидации угрозы Французской анархистской армии освобождения (ALA); тем временем Габриэль Логан и Лиан Ксин находятся в Уганде, а Гарри Стоунмен собирает сведения об Италии. Агенты IPCA препятствуют планам ALA и находят Маджари.
Между тем становится известно, что Коза Ностра желает отыскать вирус и использовать его как инструмент для мафиозных войн. Стоун направляется в Пескару, чтобы ликвидировать главу мафии, Димитрия Алексополоса. Ликвидация предотвращает доступ мафиозной семьи к вирусу.
Стоун с наемниками проникают внутрь завода Криворожсталь, где сталкиваются с чеченскими военными силами, убивающими рабочих за транспортировку крупного рогатого скота, зараженного вирусом. Наемники прячут рабочих в подземном бомбоубежище и не дают сбежать офицеру Жидкову. С некоторыми осложнениями наемники и Стоун покидают завод.
Лиан Ксин проводит тайную операцию в Киргизстане. Она ликвидирует северокорейского агента Сок-Джу Яна, собиравшегося приобрести вирусный контейнер, и местного бизнесмена Аскара Сайдахмата, купившего один из 2-х вирусных контейнеров у курьера CDP Ющенко. CDP собирается продать вирус Йеменской власти освобождения (YLA).
Наемники дислоцируются в Йемен, под командованием агента Моссада, Эхуда Бена Зоара. Чтобы получить больше информации о людях, стоящих за поставками вируса, Зоар проводит саботаж на базаре, ликвидируя чеченские силы и собирая сведения. Зоар и наемники берут форму мертвых солдат, чтобы проникнуть в Тахехирский палац, произвести убийство и захватить документы о поставках оружия. Зоар выполняет убийство, но не находит документов, не зная, что их уже украл Стоун. Крашер проводит эвакуацию Зоара и наемников, и Стоун обменивает информацию о поставках оружия на вирусный контейнер.
Следующая миссия проходит в Беларуси, в Минском университете. Одинокий наемник, поддерживаемый агентом MI6 Мэгги Пауэрс и Крашером, отслеживает поставки вируса. Тем временем Маджари в Чечне находится в родном городе Иванкова. Маджари фотографирует свидетельства геноцида. Юрий Григоров с неохотой берет на себя ответственность за убийство. Маджари берет фото Григорова с целью будущего шантажа, собирая скрытые наводки в доме Иванкова.
Наемник работает с Маджари над восстановлением оборудования с потерпевшего кораблекрушение корабля S.S. Loreilei. Наемник размещает 4 ядерных взрывчатки на нижнем уровне оборудования, чтобы предотвратить любые попытки добычи вируса. Наемник пытается излечить доктора Джандрена, но тот умирает от сыворотки. Крашера в этой операции убивают.
Затем наемники отправляются в работу с Лиан Ксин. Первая миссия происходит в Токио. Необходимо устранить офицеров Якудзы, очистить здание, найти размещенные Лиан ленты наблюдения, восстановить компьютерные данные и образцы вируса, при этом уничтожив лабораторию посредством бомбы C-4. Узнав, что самолет Имани Грей сбит в Мьянме, Лиан возглавляет операцию по извлечению тела Имани. Наемники обнаруживают свидетельства атаки самолета террористами, и устраняют террориста и лидера мятежников.
Разочарованный и апатичный Логан решает отправиться в Цюрих и берет с собой одного наемника, чтобы найти Михая Никулеску, в башнях Никулеску. В здании наемник находит финансовые записи ALA и файлы, обличающие министра обороны США Бирчима. Габриэль наблюдает за встречей Никулеску и Мары Арамовой. Никулеску собирается получить ядерное оружие Иванкова. Арамова сообщает Габриэлю месторасположение базы Иванкова. IPCAберет штурмом базу Иванкова в Киеве, предотвращая запуск ракет с химическими боеголовками. Судьба Иванкова не известна достоверно, но подразумевается, что он погиб при взрыве базы.
Благодаря образцам ткани и вируса в IPCA успешно синтезируют противовирусную вакцину. ВОЗ подтверждает, что вирус Syphon Filter отныне не представляет угрозы, поскольку изобретена вакцина. Президент США поздравляет IPCA, а Бирчима арестовывают. Доктор Вейсингер не присутствует на встрече ВОЗ, и никто не знает, куда она делась. Михай Никулеску убит 2-мя анонимными бойцами. Эльза Вейсингер предоставляет письменное признание: она должна была убить доктора Джандрена. Габриэль посылает записку Маре Арамовой; когда Арамова читает записку, показывается винтовка с треснутым прицелом, что означает то, что Стоун был послан на ликвидацию Арамовой.
