Book II продолжает события предыдущей части с Огденом, Андерсом, Вудсменом, Рамоной и убегающими пиратами. Игра развивается в формате, близком к первой части. Группа героев разделяется между 3 отдельными короткими приключениями, а потом воссоединяется для финальной секции игры. Сюжет в игре весьма легкий, главным образом, он служит для объяснения перемещений персонажей между локациями. В отличие от первой игры, рандомных боев нет. Вместо них введены экранные бои в духе Chrono Trigger. По сравнению с предыдущей игрой бои замедлены из-за ожидания перемещения бойцов для атаки, но, в общем, они всё же проходят в быстром темпе. Навыки теперь зависят от локации. Игрок вновь может захватывать монстров и делать их участниками своей группы; монстры никогда не превосходят персонажей по силе, но полезны как живые щиты. Наличие монстров в группе часто необходимо для выживания. Большая часть боев проходит в подземельях, также есть несколько корабельных битв.
