Mute Crimson – экшн-платформер с выразительным визуальным стилем: большая часть уровней черно-белая, а ключевые элементы (шипы, флаги контрольных точек, кровь и др.) красные. Кроме того, один раз на уровень встречается вращающийся желтый квадрат, чаще всего находящийся в труднодоступном месте. Эти квадраты игрок может собирать для учета в системе достижений.
Уровни игры построены с расчетом на точность прохождения. У героя игры, ниндзя, есть обычный и двойной прыжок. Часто для попадания на платформу прыжок нужно осуществить очень точно. В отличие от большинства игр с двойным прыжком, двойным прыжком нельзя пройти всю игру, особенно ее финальную часть. Прыжок от стены позволяет отталкиваться от любой поверхности, подобно Ninja Gaiden 2.
Ниндзя вооружен мечом. Ему встречаются различные виды врагов, особенно часто это ниндзя в шляпе и красные собаки. Удар мечом по врагу заставляет его разорваться надвое с брызгами крови. То же самое происходит с главным героем при смерти. Но чаще всего главной опасностью являются не враги, а сама среда. В большинстве уровней есть множество смертельных объектов, начиная с шипов и заканчивая лазерными лучами. Любое касание мгновенно убивает героя. Среда может убивать и врагов. Со второго мира появляются периодические однонаправленные порывы ветра, мешающие рассчитывать прыжки; похожие порывы были в Super Mario Bros.: The Lost Levels. В третьем мире возникают сталактиты, которые падают со смертельным эффектом, а после падения превращаются в платформы. В четвертом мире представлены конвейеры, движущиеся влево или вправо. В пятом мире игра вводит гравитационные эффекты. В шестом мире, под конец игры, появляются телепортеры и ключи. Так как к некоторым дверям необходим ключ, здесь игроку приходится несколько раз возвращаться назад. Игра состоит из 40 уровней и содержит контрольные точки.
В игре мало диалогов. Написаны они на нарочито плохом английском, чаще всего появляются перед боссами.
