Invizimals: The Resistance начинается после завершения предыдущей части, The Alliance, но для понимания происходящего не нужно быть знакомым с предысторией. Ты становишься охотником на существ, называемых инвизималами. Почти сразу Мистер Блэк и его армия роботов нападают на базу. Долго бой не продолжается, Альянс вынужден отступить, чтобы выжить. Многие высокопоставленные члены Альянса становятся пленными, и их надо спасать. Это предстоит сделать твоему герою и его напарнику Сэму.
Сюжет игры, по большей части, раскрывается в катсценах с живым действием. Геймплей игры представляет собой смесь мини-игр с дополненной реальностью (AR) и аренных боев. Дополненная реальность существенно улучшена по сравнению с The Alliance, использование карт AR более не требуется. Главная часть игры – бои с различными инвизималами на арене. Ты выбираешь, с каким существом будешь сражаться и какие «векторы» брать с собой. Векторы – это вещи вроде аптечек и специальных атак, которые можно использовать в бою.
Для боя требуются навык и планирование, особенно если тебе противостоит соперник более высокого уровня. Действие протекает быстро и интенсивно. Если тебе удается выиграть, игра дает очки навыков, позволяющие усилить твоего инвизимала.
Атаки назначаются на лицевые кнопки, а векторы на джойстик. Поэтому обычно для атак не нужно использовать тачпад.
В игре есть мультиплеер, локальный и онлайновый. Поддерживаются командные матчи «2 на 2».