Мысли нестандартно, чтобы спасти мир от опасности! Проходи запутанные ландшафты с помощью ящиков, помоги герою Квибби пройти более 20 миров. Остерегайся: на пути лежат тонны препятствий, поэтому защищайся с помощью Афро-щита и других приспособлений. Пройди уровни ради классных квадратных костюмов, таких как костюм супергероя! После главных уровней попробуй другие испытания: решай головоломки на время или набирай максимальное количество очков.
Box Boy – это история квадратного героя Квибби и его прямоугольной подруги. Однажды в мире происходит катастрофа. Только пройдя два десятка миров, Квибби может получить специальные супер-ящики, необходимые для спасения мира. В каждом уровне цель одна и та же: добраться до конца. Чтобы сделать это, нужно использовать ящики. В каждом уровне можно создать несколько ящиков – от трех до восьми. Затем ящики нужно сопоставлять определенным образом, создавая инструменты для преодоления препятствий. Существуют некоторые ограничения, например, нельзя создать ящик прямо под Квибби. Сначала из ящиков делаются простые приспособления вроде лестницы, затем – более сложные, к примеру, блок в форме «Г», которым Квибби цепляется за выступы и поднимается вверх. В каждом мире появляется новое препятствие. Препятствия варьируются от кнопок, которые нужно нажать, до конвейерных лент с нарушенной гравитацией. Кроме того, отдельные уровни каждого мира особым образом используют главное препятствие своего мира.
При прохождении игры встречаются сундуки с новыми костюмами, которые можно купить за деньги, добытые при прохождении уровня. Диапазон костюмов – от кепки с козырьком назад до рыцарского шлема и мантии супергероя. Также, на каждом уровне есть одна или две короны. Собирать их не обязательно и непросто, в том числе потому, что они пропадают после подбора некоторого количества ящиков. За короны игра дает бонусные деньги. Подобно нескольким недавним играм Nintendo, после прохождения открывается дополнительный контент: несколько существенно усложненных уровней.