Pokemon Art Academy включает 3 режима сложности и несколько режимов, в том числе свободное рисование. В главной секции игры проходит обучение рисованию на примере покемонов. С помощью различных инструментов, от пастели до кистей, игра позволяет научиться рисовать простые наброски. Со временем раскрываются новые техники вроде затенения и штриховки. В самых сложных уроках игрок должен рисовать свободно, хотя всегда остаются пошаговые инструкции. Каждая готовая картина переносится в торговую карту покемона, к которой можно добавить фон.