Сюжет
Ученые из NAXA (игровой эквивалент NASA) обнаруживают массивный астероид, который движется по направлению к Земле. Когда план по сбиванию астероида лазером проваливается, а также выясняется, что внутри астероида находится компьютер, NAXA организовывает специальный турнир. Победитель – человек-оператор и его компьютерный подопечный «нави» – будет послан на астероид и попробует изменить его курс.
Тем временем Мегамен, Лан Хикари и его отец Юичиро Хикари едут за покупками в Элек, район электроники города Дентек. Там протагонист встречается со своими подругами Майл и Яй, операторами Ролл и Глайда соответственно. Персонажи вводят своих нави в музыкальные терминалы. В терминале появляется загадочный нави Шейдмен и крадет Ролл. Придя к выводу, что Шейдмен любит шум, Лан подключает Мегамена к громкоговорителю Элека и вступает в бой с ним. Шейдмен слишком хорошо защищен от атак Мегамена, но теряет свои оружейные системы и отступает, когда вмешивается Протомен. Мегамен замечает, что Шейдмен обронил неизвестный чип. По словам Хигсби, это Даркчип, который придает нави сверхсилу, но заражает его сердце. Герои клянутся никогда не использовать Даркчип.
В мире не знают, что всемирный турнир NAXA – нечто большее, чем соревнование. Поэтому Лан и Мегамен записываются в местную группу. Они проходят в турнир Орла – региональную стадию состязания. В парке развлечений «Кастилло», где проходит турнир Орла, Лан и Мегамен узнают в одном из служебных роботов Шейдмена. Когда тот требует возврата Даркчипа, Мегамен уничтожает его. Шейдмен вызывает Мегамена на бой. Он по-прежнему неуязвим для оружия Мегамена. Однако, в некоторый момент в инвентаре Мегамена возникает таинственный чип. С его помощью Мегамен легко побеждает, но скоро понимает, что применил Даркчип.
После прохождения турнира Орла и турнира Красного солнца / Синей луны, проводимого в Нетопии, Лан и Мегамен узнают, что турниры должны были определить сильнейшего нави мира. Мегамен, ставший им, отправляется на астероид. В контрольной комнате астероида он встречает Лазермена и операционную систему Дуо. Дуо хочет уничтожить Землю, поскольку она полна зла. Затем Дуо извлекает из Мегамена «темную душу» и все его злые помыслы, и Мегамен побеждает их. После боя с Дуо герой получает разрешение на отклонение курса астероида. Однако, астероид слишком тяжел, чтобы отклонить его курс в одиночку.
Мегамену удается соединиться с волей земных людей. Те дают ему силу для перемещения астероида. Дуо соглашается оставить Землю в покое на несколько ближайших веков. Доктор Регал, сын Лорда Вайли, сформировавшего криминальный синдикат «Небула» по производству даркчипов, спрыгивает со здания NAXA, чтобы избежать ареста, и, по-видимому, погибает. Сетевые преступления прекращаются, «Небула» ликвидируется, в мире настает порядок… до событий Mega Man Battle Network 5.
Геймплей
Battle Network 4 во многом отличается от Battle Network 3, самое явное отличие – концепция Двойной души (Даблсоул). Посредством двойной души Мегамен может использовать силы других нави. Для активации этой способности, длящейся 3 очереди, нужно пожертвовать чип.
Чтобы раскрыть все секреты главного режима, нужно пройти его, по меньшей мере, 3 раза. После каждого прохождения игрок может либо продолжить существующую игру, либо начать новую игру на повышенной сложности, при этом любое сохранение на повышенной сложности перезаписывает сохранение на стандартной сложности
Даркчипы – это мощные чипы с рядом негативных побочных эффектов. В углу экрана находится индикатор настроения Мегамена; если он уходит в отрицательные значения, на экране появляются случайные даркчипы. У каждого даркчипа есть много негативных эффектов, в том числе постоянных. Если тьма возьмет верх над Мегаменом, набор доступных чипов и программных улучшений сменится. При использовании даркчипа Мегамен навсегда утрачивает одну единицу здоровья и уже не может его восстановить; это правило не действует только в бою с Шейдменом в ТойРобо и в свободных турнирах магазина Хигсби. Существуют специальные чипы, которые может использовать лишь полностью поглощенный тьмой Мегамен. Если же Мегамен выдерживает 1,000 боев без использования даркчипов, он становится светлее и проще переходит в режим Полной синхронизации.
Окно эмоций
Так называется уже упомянутый индикатор настроения. Окно меняется при каждом использовании двойной души. Полная синхронизация – это приподнятое состояние эмоций, получаемое после контратаки против вируса. В этом состоянии вдвое усиливаются атаки с помощью боевых чипов. Полная синхронизация пропадает, когда Мегамен получает урон или проводит неудачную контратаку против вируса.
Если бои складываются не в пользу Мегамена, он приобретает раздраженное выражение лица, а затем на экране появляются даркчипы. В «плохом» эмоциональном состоянии трансформации двойной души отключаются. Вернуться в спокойное состояние можно, проведя контратаку по вирусу, восстановив здоровье, проведя серию ударов по врагу или выиграв бой.
Пропуская несколько быстрых ударов или получая оглушения, Мегамен переходит в состояние ярости. Ярость, подобно синхронизации, удваивает мощь боевых чипов, но Мегамен приобретает разозленное выражение лица и оранжевое свечение. Ярость уходит, когда Мегамен повреждает вирус, проводит успешную контратаку или переходит в синхронизацию. Также, если не использовать чипов, через некоторое время она пропадает сама. В отличие от синхронизации, яростный Мегамен не возвращается к нормальному эмоциональному состоянию, если пропускает удар.
Боевые чипы
Боевые чипы дают Мегамену разные способности. Стандартные чипы обеспечивают 150 уникальных атак. Количество мегачипов снизилось, теперь 60 штук. Вместо чипов V1, V2, V3, V4 и V5 введены чипы (Navi), (Navi)SP и (Navi)DS. В каждой версии есть 5 эксклюзивных гигачипов. Добавлено 56 новых секретных чипов, большинство которых предоставляется за победу в бесплатных турнирах Хигсби. Наконец, в игру включено 8 даркчипов.
Экранные значки
За достижения игрок может заработать 7 значков, отображаемых вверху экрана. По одному значку предоставляется за: победу над финальным боссом Дуо; получение всех двойных душ; получение всех стандартных боевых чипов; получение всех мегачипов; получение всех гигачипов; получение всех программных улучшений; победу над Баззом в его Омега-форме.