Picross E3 включает 150 новых стандартных головоломок, и еще ряд новых головоломок под названием Mega Picross. В игре несколько режимов: Простой, Нормальный, Свободный и Экстра. В первых двух режимах игра подсказывает, когда пользователь совершает ошибку. В двух других режимах таких подсказок нет, и на решение головоломки может уйти несколько проб и немало времени. В головоломках Mega Picross игрок выбирает число блоков, содержащихся в двух горизонтальных или вертикальных рядах.
Графика Picross E3 очень близка к Picross E и E2: отличается только цвет фона, розовый в данной игре, зеленый во второй части и синий в первой. Фоновая музыка в Picross E3 та же, что в Picross E2.
