Игрок должен выступить против организации «Церберус», продвигающей идеологию превосходства человека. Игра является ответвлением серии Mass Effect. Прохождение кампании может улучшить общую миссию игры Mass Effect 3.
Mass Effect: Infiltrator – шутер от 3-го лица, в рамках которого нужно освободить заключенных, расположенных на базах военизированной антропоцентристской организации «Церберус». За сбор свидетельств преступлений «Церберуса» игрок получает награды. Спасение заключенных и раскрытие данных о «Церберусе» посредством системы «Galaxy at War» из Mass Effect 3 повышает рейтинг Галактической Готовности игрока. Главный герой истории – Рэндалл Эзно, оперативник «Церберуса», восстающий против своей компании после раскрытия ее истинных целей.