Во время ядерной катастрофы охотники на демонов, известные как «дебаггеры», выслеживают демонов из компьютерной сети (которые переполнили и реальность). NINE – одна из очень немногих игр Shin Megami Tensei, позволяющих выбирать пол главного героя.
Название «NINE» означает количество элайнментов, доступных в серии: Порядок, Хаос и Нейтралитет, каждый из которых имеет версии «свет», «нейтралитет» и «тьма». Саундтрек игры состоит из заново аранжированных треков из предыдущих игр серии. Дизайн демонов разработан ветераном серии Казумой Канеко, а дизайн персонажей – Ясуми Умэтсу, автором иллюстраций к Castlevania 64 и Contra: Hard Corps.
Первоначально NINE задумывалась как MMORPG, но вышла одиночная экшн-RPG, а многопользовательскую версию запланировали на будущее. Эту версию заморозили из-за плохих продаж, но она стала прототипом для другой игры, Imagine: Online.
