Уровни
Каждый уровень состоит из крупных стартовых платформ, клетчатых платформ и по крайней мере одной аркообразной цели, обозначающей конец уровня. На многих уровнях есть подвижные платформы, кнопки контроля скорости и направления движущихся элементов и различные препятствия. Появились новые элементы типа конвейерных лент и двухсторонних телепортационных дверей. Провалить уровень можно двумя способами: упасть вниз или просрочить время. В большинстве уровней действует 60-секундный лимит. В двух уровнях дается лишь по 30 секунд.
Режимы
Сюжетный режим: новый режим. Уровни поделены между 10-ю мирами – по 10 уровней на каждый. Порядок прохождения миров линеен, порядок прохождения уровней мира – произволен. Уровни нельзя ни пропускать, ни проходить повторно. Каждый мир выполнен в особом стиле: джунгли, вулкан, космическая станция и др.
Режим вызова: в первой части режим носил название «главная игра». Подобно оригиналу, он поддерживает до четырех игроков и содержит три сложности: «начинающий» (10 уровней), «продвинутый» (30 уровней) и «эксперт» (50 уровней). Также подобно первой игре, есть бонусные уровни, находящиеся между обычными уровнями. После прохождения любой сложности без смертей игрок переходит к экстра-уровням. Если удается пройти экстра-уровни без смертей, то игрок переходит на мастерские уровни, в которых есть свои экстра-уровни.
Учебный режим: здесь можно выбирать ранее пройденные уровни и практиковаться. Количество жизней не ограничено, набранные очки не сохраняются.
Сюжет
В сюжетном режиме игроку дается неограниченное количество жизней на то, чтобы пройти 10 миров и 100 уровней. Миры нужно проходить по порядку, уровни в мирах – в произвольном порядке. История повествует о четырех обезьянах из Super Monkey Ball (Айай, Мими, Бэби и Гонгон). Обезьяны преследуют Доктора Бэд-Буна, который украл все бананы острова.
Очковая система
В игре 2 типа очков: стандартные и игровые.
Стандартные очки: даются за бананы, разбросанные по уровням, и за быстрое прохождение лабиринтов. Бананы бывают двух типов. Обычный банан стоит 100 очков. Связка редких бананов стоит 1,000 очков. Бананы несут побочный эффект: за каждые 100 штук дается одна жизнь. Количество очков, зарабатываемое за уровень, определяется «чистыми очками» и различными множителями.
Чистые очки – это количество сотых долей секунд, оставшихся на часах после достижения цели. Еще 10,000 или 20,000 очков дается, если игрок добывает зеленую или красную цель.
Количество очков можно приумножить с помощью Бонуса Времени. Он удваивает «чистые очки», если игрок проходит уровень менее, чем за половину заданного времени. Еще одно средство – бонус Warp, умножающий количество уже заработанных очков на параметр, связанный с количеством уровней, на которых был применен эффект Warp (перенос в пространстве). Бонус Warp для зеленых ворот – х2, бонус Warp для красных ворот – х3.
Игровые очки: зарабатываются за геймплей. Чем длиннее и лучше игра, тем больше игрок получает очков. В отличие от стандартных очков, игровые очки сохраняются от игры к игре. Затем эти очки можно тратить на жизни, групповые игры и видеосцены. В первую очередь можно приобрести лишь 6 групповых игр (лодка, выстрел, собачий бой, футбол, бейсбол и теннис), за 2,500 очков каждую. Затем в меню опций открывается пункт «Gift», в котором можно: получить одну жизнь за каждые 500 очков (вплоть до 99 жизней); просмотреть любой ролик за 1,000 очков; пройти мини-игру с титрами за 1,000 очков.
Открыв всё, игрок получает финальную оценку и тут же получает приглашение: превзойти ее. Максимальная оценка, 17,080 игровых очков, возможна в случае прохождения экспертной сложности, экспертных экстра-уровней, мастерских и мастерских экстра-уровней без использования warp и без потери жизней.
