Как и Super Mario 64, игра открывается тем, что Пич приглашает Марио в свой замок. Марио прибывает вместе с Варио и Луиджи. Все трое входят в замок и пропадают. Пич похищена. Первым игровым персонажем является не Марио, а Йоши, пробудившийся после глубокой спячки. До входа в замок происходит небольшое событие: Йоши захватывает кролика с ключом к передней двери. Затем Йоши отправляется в замок, чтобы найти друзей. Вскоре игрок сможет играть за всех четырех персонажей. Большая часть последующего геймплея практически аналогична геймплею предшественника.
При создании схемы управления проблемой был поиск замены аналогового стика N64, не существующего на DS. Nintendo пришла к использованию сенсорного экрана. Управление можно менять на стиль левши. Нажатие «select» во время геймплея вызывает экран «Режимы управления» с тремя опциями:
- Стандартный режим: передвижение осуществляется посредством джойстика. Удержание «Y» заставляет персонажа совершить рывок. Удержание «заряжает» рывок, сам рывок активируется кнопкой джойстика.
- Сенсорный режим: оригинальные модели Nintendo DS поставлялись с запястным браслетом, оснащенным элементом для большого пальца; это приспособление служило для имитации аналогового управления на сенсорном экране. Круг, появляющийся на экране, обозначает скорость передвижения персонажа. Если игрок пытается соскользнуть из радиуса круга, круг перемещается. Отпустив круг, можно установить новую нейтральную точку на сенсорном экране.
- Двуручное управление: режим, позволяющий использовать стилус. Большой круг, появляющийся на экране, обозначает скорость игрока; он работает подобно кругу из Сенсорного режима, но игрок также может использовать джойстик (функции которого тут напоминают лицевые кнопки).
В замке часто встречаются небольшие дико скачущие кролики. Они не чисто декоративны, как можно подумать. Каждый пойманный кролик раскрывает новую мини-игру в Развлекательной комнате Принцессы Пич. Кролики бегают не беспорядочно, а по определенному шаблону. Простейший способ поймать кролика – загнать в угол.
Персонажи
Стартовый персонаж. Остается единственным игровым персонажем, пока не будет собрано 8 звезд. Обладает несколькими уникальными способностями, включая «парящий» прыжок. Если нажать кнопку прыжка при нахождении в воздухе, ноги Йоши начнут трепетать, обеспечивая немного удлиненное парение. Йоши умеет стрелять яйцами, рикошетящими от врагов. Чтобы отложить яйцо, нужно схватить врага при помощи языка Йоши, а затем нажать кнопку приседания.
Огненное дыхание позволяет Йоши решать головоломки, не поддающиеся остальным персонажам. Если разбить красный блок «?» и поймать силовой цветок, можно недолговременно дышать огнем. Это дыхание способно плавить ледяные блоки и повреждать врагов.
Йоши – единственный персонаж, ведущий бой без применения кулаков. Из-за этого он не может противостоять призракам, и не может войти в Притон Большого Бу.
Вероятно, самый разносторонний персонаж. Очень маневрен и быстр. Наиболее примечательная способность – отскок от стен, позволяющий добираться до труднодостижимых мест. Силовой цветок дает Марио способность парения. Быстро нажимая кнопку прыжка, можно менять высоту парения, что также способствует достижению сложных мест. Красные блоки «?» дают персонажу перо, а не силовой цветок. Перо позволяет скользить по воздуху. Полет можно начать, выстрелив Марио из пушки или совершив тройной прыжок.
Как раскрыть: собрать 8 силовых звезд, направиться к «Goomboss Battle» (за комнатой принцессы Пич) и победить Гумбосса.
Сила Луиджи – в прыжках. Подобно Йоши, может парить путем нажатия кнопки прыжка во время пребывания в воздухе. Важнее то, что Луиджи умеет делать весьма высокое обратное сальто. Сальто исполняется нажатием «прыжка» и «приседания». Силовой цветок делает Луиджи невидимым. Невидимость позволяет проходить сквозь определенные объекты, включая некоторые картины, зеркала и, особенно, клетки.
Как раскрыть: при наличии восьми первых звезд пойти в подвальный уровень «Big Boo's Haunt». Добыв там первую звезду, игрок активирует лестницу в главном доме, ведущую ко второму уровню. Наверху, за восточной дверью, находится секретный чердак с изображением Луиджи. Чтобы раскрыть самого Луиджи, нужно пройти Испытание Большого Бу.
Сложный для игры персонаж: двигается медленнее остальных, прыгает недалеко. Неповоротливость компенсируется грубой силой. Это единственный персонаж, способный открывать иногда встречающиеся черные блоки. Цветок превращает Варио в гигантское металлическое существо, которое почти невозможно сдвинуть с места: порывистые ветры не сбросят его со скал, могучий водный поток не собьет его ход. Металлическая форма полезна для достижения сложных участков.
Как раскрыть: собрать 30 звезд, раскрыть второй этаж замка, пойти туда с Луиджи. Взять цветок в ближайшей комнате и прыгнуть сквозь зеркало в картину Варио, пройти испытание Шефа Чилли.
Развлекательная комната (мини-игры)
Дополнительный режим, уделяющий много внимания использованию сенсорного экрана. Режим разделен на 4 секции, соответствующие четырем персонажам. Каждая секция содержит множество мини-игр. Примеры мини-игр: «Wanted» для Йоши, с требованием найти персонажа в море самозванцев; «Mansion» Луиджи, со стилусом-«фонариком», ищущим Бу; платформенно-прыжковые мини-игры Марио с целью давления Стеснительных парней; похожая на снежки мини-игра Варио. Некоторые игры недоступны со старта.
Режим Противостояния (Версус)
Последнее нововведение. Позволяет состязаться с друзьями в таких уровнях, как Секретный слайд Принцессы, Замковые угодья, Солнечные острова и Боевой форт. Главная цель режима – собрать побольше звезд.
