В сравнении с первой частью с 1-го лица на 3-е сменился вид обзора и появился акцент на комбинации ловушек. Новый протагонист игры – юная Милленния, марионетка и страж у расы «Тименоид» (в игре – сокращенно «TMD»). Тименоиды – это бессмертные люди, воюющие с людьми обычными. Милленния оказывается посреди этой войны. С одной стороны, люди – ее раса, с другой, тименоиды – ее хозяева. Какую сторону примет Милленния, должен определить игрок. В одной из концовок есть явный намек на то, что Kagero является приквелом к Tecmo's Deception, а Милленния, повзрослев, станет персонажем Астарте. В пользу этой версии говорит то, что переименование главного персонажа в «Astarte» раскрывает немалую сумму игровой валюты «Арк». Тем не менее, Tecmo прямо не называла данную концовку каноном.
Изменения работы ловушек значительно усилили стратегический аспект игры. Ловушки смогли образовывать длинные цепи и просто стали гораздо опаснее. Исцеление протагониста стало вестись не медицинскими травами, а светящимися синими кристаллами «лунами», которые можно использовать лишь один раз за главу. Ловушки стало возможно улучшать за очки «арк», заработанные ликвидацией врагов. В создании ловушек появились некие логические «деревья»: так, улучшение одной ловушки после создания другой могло привести к появлению третьей ловушки. Посредством переигровок и достижения всех четырех концовок игрок мог раскрыть 6 секретных ловушек. На одной из секретных ловушек изображен монстр Суезо из серии Monster Rancher. Уже установленные ловушки можно было использовать неоднократно, но с перерывами на «перезарядку».
