Геймплей
Система Game Boy Advance служит как «PET» (PErsonal Terminal, понятие из игр Battle Network) – устройство для управления сетевыми персонажами «нет-нави» (нави). Игра поддерживает аксессуар Battle Chip Gate, позволяющий использовать в качестве боевых чипов реальные игрушечные чипы. Поддерживается мультиплеерная игра с пользователями Battle Network 4. Также, игра совместима с Nintendo e-Reader, с помощью которого раскрываются определенные нави, в том числе необходимые для прохождения. За пределами Японии игра не выходила по причине применения дополнительных аксессуаров, не пользовавшихся популярностью на Западе.
Нави дают уникальные возможности и мини-игры. Так, Намбермен помогает изучать математические проблемы. У каждого нави есть личные черты, влияющие на игровой опыт. В игре действует система реального времени, в определенные дни недели проводятся турниры. В киберпространстве периодически появляются «темные» нави из Mega Man Battle Network 4, например, Топмен; с таким нави игрок должен сражаться.
В бою игрок не управляет своими нави напрямую, как в играх Battle Network. Нави перемещаются сами, а игрок обеспечивает их боевыми чипами либо через интерфейс, либо вставляя игрушечные чипы в Battle Chip Gate. Также можно менять стратегии уклонения.
Нави
Изначально игроку доступны Мегамен (Рокмен), Ролл, Гатсмен и Намбермен. Вставляя чипы в Battle Chip Gate, можно ввести в игру других нави. У каждого нави свой боевой стиль, личность и мини-игры. Всего существует 21 нави, в том числе все 12 нави из Mega Man Battle Network 4. Стармен – единственный нави, не появлявшийся ранее в играх, вышедших на Game Boy Advance, до этого он был только в Mega Man Network Transmission под GameCube. Кроме упомянутых, игра включает таких нави: Файрмен, Вудмен, Виндмен, Серчмен, Аквамен, Тандермен, Металмен, Джанкмен, Протомен, Напалмен, Айсмен, Элекмен, Плантмен, Найтмен, Шэдоумен и Базз.
Музыка
Саундтрек представляет собой ретроспекцию серии Mega Man. У каждого нави есть своя музыкальная тема, как правило, это по-новому аранжированный трек, использовавшийся для соответствующего персонажа в более старых играх. Например, тема Айсмена – ремикс музыки с его уровня из Mega Man (вышедшей на NES первой игры серии). У некоторых нави есть дополнительные ремиксы их основной темы, они используются в их мини-играх. Нави вроде Ролл (не имеющей своей темы в предыдущих играх) и Тандермена (нового персонажа) получили новые темы. Тема Мегамена – аранжировка темы первых трех частей Battle Network. Протомена сопровождает его фирменная «свистящая» тема из Mega Man 3, а тема Базза взята из Mega Man 7, где он впервые сразился с Мегаменом.
