Сюжет
В неназванном году XXI века Доктор Вайли реформировал злонамеренную организацию WWW, и теперь хочет запустить «Альфу». Альфа – это вредоносный прототип интернета, который был закрыт до введения современного интернета мира Battle Network 3. Чтобы активировать Альфу, Вайли нужны пароли к файерволам, именуемые тетракодами. Тетракоды хранятся в тайных локациях.
Начинается турнир N1 Grand Prix, призванный определить лучшего сетевого бойца. Как оказывается позже, турнир является частью плана Вайли по краже тетракодов. В промежутке между раундами турнира происходит нападение WWW. Лан Хикари и его сетевой аватар (так называемый нет-нави, или просто нави) Мегамен вступают в сражение с нави, которых послал Вайли. Несмотря на их усилия, Вайли получает тетракоды и запускает Альфу. Пока Мегамен побеждает Базза, Альфа поглощает Вайли и начинает инфицировать своим кодом весь интернет.
Мегамен вступает в бой с Альфой и побеждает его. Когда Альфа начинает удаляться, сеть распадается, поскольку Альфа пытается поглотить всё, чтобы спасти себя. Опасности подвергаются и Лан с Мегаменом. Чтобы спасти хозяина, Мегамен перезагружается, таким образом, жертвуя собой. Позже отец Лана восстанавливает Мегамена.
Геймплей
Игра близка к предыдущим частям, а в графике вообще нет изменений. Вместо усилений мегабастера, которые игрок собирал при прохождении, введен кастомайзер нави. В нем можно, основываясь на определенных правилах, добавлять способности.
В игре есть селекционер вирусов. Он служит для хранения дружественных вирусов, найденных в сети. Такие вирусы требуют подкормки «багфрагами». Для помещенного в селекционер вируса игрок получает чип. Багфраги способны повысить уровень чипа. Если раскормить семейство определенных вирусов до максимального уровня, появится информация о местонахождении высшего вируса семейства. Чипы обеспечивают Мегамену способности.
Боевые чипы в игре поделены на 3 категории: 200 стандартных белых чипов, 85 синих мегачипов и 25 розовых гигачипов. В папке можно разместить до 4 стандартных чипов каждого типа, до 5 мегачипов разных типов, один гигачип и одну копию гигачипа. Определенными типами программ можно ослабить ограничения по вместительности мега- и гигачипов. В каждой версии игры есть 5 уникальных гигачипов.
