Боевая система
Mega Man Star Force 2 – ролевой экшн в духе первой игры. Используется изометрическая перспектива, Мегамен отображается со спины, движение ограничено по направлениям лево-право. В распоряжении врагов значительно больше пространства, чем в распоряжении Мегамена, поэтому избежать боя, чаще всего, затруднительно. В случае смерти Мегамен возвращается к последнему сохранению. Как и в первой части, здоровье можно восстанавливать вне боя и в бою, разными способами. Различными обновлениями можно повысить скорострельность, мощь и скорость зарядки оружия протагониста, бастера. Из бастера всегда можно стрелять быстрыми слабыми выстрелами; при этом бастер непрерывно автоматически заряжается на более мощный выстрел.
В течение игры предоставляются разные возможности собрать «боевые карты». Карты нужно располагать в папке, а затем использовать в бою. Если во время боя заполнилась шкала Custom, можно случайным образом выбирать карты и применять их против врагов. По редкости и мощи карты делятся на 3 класса: Стандарт, Мега и Гига. Игрок может пересылать «любимые карты» по Nintendo Wi-fi Connection. Количество любимых карт снижено с 6 до 4. В папке карт произошло и другое изменение: были добавлены звездные карты, имеющие 1-6 звезд. Звездные карты можно получить, побеждая «гигантские вирусы» – увеличенные формы нормальных вирусов. В сравнении с одноименной стандартной картой звездная карта обладает повышенной мощью. В папке можно держать лишь один экземпляр конкретной звездной карты, и лишь три звездных карты любого типа.
В игре используются элементы: Жар, Аква, Электричество и Дерево. Элементы совмещаются с определенными атаками, и такие атаки способны причинять двойной урон врагу, слабому к данному элементу. Жар неэффективен против Аквы и эффективен против Дерева, Аква неэффективна против Электричества и эффективна против Жара, Электричество неэффективно против Дерева и эффективно против Аквы, Дерево неэффективно против Жара и эффективно против Электричества.
Трансформации
В игре есть 3 трансформации: Деревянный Ниндзя, Огненный Ящер и Громовой Зеркер. Они активируются посредством техники Активации племени (Tribe On), доступной при наличии специального артефакта OOPArt. Если собрать все такие артефакты, можно превратиться в Племенного короля (Tribe King). Превращение в Короля можно осуществить картами OOPArt или картами Братской группы (Brother Band).
Техника Double Tribe позволяет совместить 2 или 3 трансформации в одну из шести возможных комбинаций. Провести эту трансформацию можно при помощи братской карты или использования племени в режиме Tribe On. Финальную трансформацию в Племенного короля можно провести, сделав трансформацию из формы Double Tribe. Форма Племенного короля удерживается не более 3-х очередей. Когда игрок пропускает атаку с противоположным элементом, трансформация утрачивается.
Существует альтернативная трансформация в Роуга (Rogue). Есть 2 способа превратиться в Роуга: первый, основной, – оснастить братскую группу шестью «независимыми доказательствами» (Indie Proofs), и получить карту для трансформации. Второй – использовать специальную «волновую команду» (Wave Command). В форме Роуга снижено количество жизней героя (максимум – 400, при максимуме 1300 в стандартной форме). В этой форме нельзя использовать мега-карты, но можно использовать гига-карты. Роуг имеет особые навыки. Преимущества племенной формы он теряет. Поскольку у Роуга нет элемента, он не может перестать быть бродягой после элементальной атаки.
Волновые командные карты
Игра совместима с 279-ю волновыми командными картами. Это реальные физические карты с нумерованными дырами, которые можно прикладывать к сенсорному экрану DS. Касаясь к номерам приложенной карты в определенном порядке, игрок может раскрыть специальные предметы, комбо, боссов и карты.
Сюжет
Пятиклассник Гео Стелар и Омега-Ксис (или просто Омега), представитель инопланетной расы FM (эфмианец) – главные герои игры. Действие происходит приблизительно через 2 месяца после событий Mega Man Star Force; Гео привык к жизни с Омегой и завел много новых друзей. В начале игры Гео горит желанием получить долгожданный «Звездный карьер».
В один день Гео и его друзья решают отправиться в технологический район холмов Уилшира в городе ИФЛ. Там они становятся свидетелями работы нового устройства – Звездного Карьера. Устройство способно трансформировать принимаемые радиоволны в материальные объекты, так называемые материальные волны. Пока Гео с друзьями смотрят фильм, происходит атака группы во главе с загадочным человеком Хайдом и «неопознанным загадочным животным» (UMA) по имени Фантом. Хайд совмещается с Фантомом и образует Темного Фантома. Мегамен (сочетание Гео и Омеги) побеждает Темного Фантома, и тому приходится бежать; с этого момента Темный Фантом – один из главных антагонистов игры.
Позже выясняется, что Хайд работает на Доктора Вегу, ученую, одержимую идеей восстановления пропавшего континента Му. Ради этой цели Вега объединяется с Соло, единственным выжившим с Му, и различными UMA. Соло обладает способностью трансформироваться в Роуга.
Дальнейший сюжет представляется в формате эпизодов. Хайд и дружественные ему UMA ищут людей, недовольных своей жизнью, и обещают им власть и влияние в обмен на «слияние» (операцию, которая превращает человека в так называемого электромагнитного человека). Такое слияние произошло и между Гео и Омегой, однако, оно было добровольным и ненасильственным; слияние, которое предлагает Хайд, приводит людей к потере контроля над своим телом. Чтобы освободить людей от вселенных в них UMA, Мегамен должен побеждать их в бою.
Через несколько дней Гео встречается в музее с Соней Страмм. Появляется Соло и пытается украсть OOPArt – устройство невероятной мощи, необходимое для Веги. Это устройство случайно съедает Омега, и тогда Гео / Мегамен начинает видеть сны, в которых OOPArt пытается захватить его тело. Через несколько дней Соло отправляется к хребту Эхо, чтобы забрать OOPArt у Гео. Превратившись в Мегамена и Роуга, они вступают в волновой бой. После боя Соло убеждается, что он может усилить Гео, уничтожив его связи. Для этого Соло создает Черную дыру, в которой пропадают Соня, Бад и Зак. Гео успевает спасти Луну, но Хайд похищает ее. Мегамен обращается к силе OOPArt, и благодаря голосу Луны приобретает контроль над ней.
По прошествии многих событий Мегамен теряет OOPArt. Устройство применяют для восстановления Му. Однако, часть силы OOPArt осталась у Омеги, поэтому он может превращаться в «племенную» форму. Мегамен находит Му в Бермудском лабиринте. Там он побеждает врагов (некоторых с помощью Роуга) и находит Вегу. Когда Мегамен побеждает финального босса Ле Му, Вега раскрывает свои мотивы. Она потеряла на войне своего возлюбленного Альтаира и обвинила в его смерти мир. Затем Вега стала ученой, открыла материальные волны и изобрела Звездный Карьер. С помощью новых технологий она воссоздала голографическое изображение Альтаира. Однако, голографический образ не унаследовал воспоминаний Альтаира. Он стал просто оболочкой по имени Холлоу, которая верно служит Веге. Затем Вега пожелала возродить Альтаира при помощи «продвинутой технологии» Му. В конце игры Вега просит Ле Му отдать свои последние силы на то, чтобы сбросить континент Му с небес на Землю. Ле Му осуществляет взрыв, который отбрасывает Мегамена и Вегу. Холлоу спасает Вегу, но сам погибает. Молитвы Холлоу достигают возрожденного Альтаира; тот просит Вегу не мстить миру, а жить счастливой жизнью. Мегамен отправляется за Ле Му и добивает его. Му падает в океан, а Мегамен распадается от истощения. В финале Гео просыпается и узнает, что его спас Соло. Однако, Соло говорит, что сделал это не из милосердия, а просто потому, что тело попалось на его пути. Соло выражает желание когда-нибудь еще сразиться с Мегаменом и покидает Гео, оставляя его с друзьями.
