В сравнении с первой частью Naval Ops: Commander – более стратегический тип экшн-стратегии. В отличие от других частей серии, мир представляется в виде сверху. Игрок управляет самостоятельно настроенным кораблем. Можно нанимать сопровождающие корабли. Ими нельзя управлять напрямую, можно лишь менять формацию и тактику.
Геймплей разделен на две фазы. В строительной фазе можно настраивать корабль, модифицируя существующий дизайн или создавая абсолютно новый. Базисом для дизайна служат разные типы корпусов, обладающие такими параметрами как вес, площадь поверхности и типы допустимого оружия. Например, посадочные полосы могут быть только на авианосцах, а боевые корпуса выносят больше веса, что позволяет монтировать крупнокалиберные оружия. Вторая фаза геймплея – действие. Игрок управляет построенными кораблями, ведет бой с врагами, которые могут находиться в море, под морем, на земле и в воздухе.
