Сюжет
Действие происходит на наводненной Земле. На поверхности сохранилось лишь несколько редких островов, а добыча энергии стала реальной проблемой. Поэтому в древних руинах были отысканы квантовые реакторы, способные служить источником энергии. Осколки реакторов стали использовать как валюту. Главная цель жителей – найти Материнскую жилу – мифический источник бесконечной энергии. Искатели Материнской жилы зовутся диггерами, а те, кто дает им информацию – споттерами.
Мегамен Волнатт, или просто Мегамен – диггер, нашедший рефрактор и теперь пробивающий путь через руины. После устранения риверботов он убегает на воздушном корабле Флаттере. Внезапно возникает проблема с двигателем Флаттера, и приходится совершить посадку на остров Каттелокс. Экипаж корабля пытается найти способ исправить неполадку, но тут нападают воздушные пираты Бонне. Пираты крадут рефракторы с целью разбогатеть. Между тем, в местных руинах, «Главных Воротах», кроется некое загадочное существо; так, во всяком случае, считают обитатели Каттелокса.
Оказывается, что в Главных Воротах пребывает в состоянии стазиса робот Мегамен Джуно. Джуно происходит с космической станции Эдем. Протагонист пробуждает Джуно. Тот заявляет, что население острова, которое он называет карбоном (углеродом), должно быть уничтожено. Мегамена он называет «Мегаменом Триггером». Джуно говорит, что Мегамен страдает от потери памяти и заключает его в электрический барьер. Каскетты (члены экипажа) освобождают Мегамена, и он убивает Джуно. Джуно замечает, что Мегамен – «ликвидаторская модель 1-го класса».
Джуно успел передать свои резервные данные в системы Эдема, поэтому подготовка «Программы уничтожения карбона» продолжается. Персонаж Дата вводит в систему новые инструкции, которые останавливают и стирают данные Джуно. Дата сообщает, что воспоминания Мегамена, когда тот был Мегаменом Триггером, хранились у него; теперь настал момент возвратить их владельцу. Жители острова чествуют героизм Мегамена, а Каскетты улетают на восстановленном Флаттере.
Игра завершается тем, что Бонне летят над морем, буксируя найденный в Главных Воротах крупный рефрактор.
Геймплей
Почти все предыдущие игры Mega Man были двухмерными сайд-скроллерами. Mega Man – трехмерный шутер с открытым миром. Игра проходит в линейных подземельях и в центральном городе. Город населен NPC, с которыми Мегамен может взаимодействовать. Сюжет, как правило, раскрывается в озвученных роликах.
Оружие Мегамена отчасти изменено. Теперь у «бастера» нет возможности заряжаться, а удержание кнопки отвечает за автоматический огонь. Скорострельность автоматических выстрелов зависит от бастерных запчастей; эти запчасти обновляют 4 стата: атаку (мощь), скорострельность, дальнобойность и энергию (количество возможных последовательных выстрелов). Все 4 стата максимизировать невозможно, поэтому игрок должен выбирать наиболее подходящее под свой стиль распределение статов (но, на простой сложности можно получить Бастер Макс, который можно повысить до максимума). Запчасти для оружия можно найти в подземельях или купить в магазинах. Рефракторные камни используются в качестве источника энергии, рефракторные осколки – в качестве денег (зенни).
Изменено специальное оружие. Раньше игрок добывал его у боссов, теперь его делает Ролл Каскетт. Ролл использует при этом предметы, добытые Мегаменом в подземельях и магазинах. Мегамен может переносить лишь одно оружие. Чтобы поменять оружие, необходимо переговорить с Ролл.